２００６年高校生ドラフト会議指名選手
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| 北海道日本ハムファイターズ | |||||
| １ 巡 | 吉川 光夫 | 投 手 | 広陵（広島） | １７７センチ７３キロ | 左投左打 |
| ３ 巡 | 植村 祐介 | 投 手 | 北照（北海道） | １８０センチ８０キロ | 右投右打 |
| ４ 巡 | ダース･ロマーシュ匡 | 投 手 | 関西（岡山） | １９０センチ７９キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 中日ドラゴンズ | |||||
| １巡 | 堂上 直倫 | 内野手 | 愛工大名電（愛知） | １８２センチ８０キロ | 右投右打 |
| ３巡 | 福田 永将 | 捕 手 | 横浜（神奈川） | １８０センチ８０キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 西武ライオンズ | |||||
| １ 巡 | 木村 文和 | 投 手 | 埼玉栄（埼玉） | １８２センチ８０キロ | 右投右打 |
| ３ 巡 | 朱 大衛 | 投 手 | 中部大第一（愛知） | １８３センチ８０キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 阪神タイガース | |||||
| １ 巡 | 野原 将志 | 内野手 | 長崎日大高（長崎） | １８４センチ８５キロ | 右投右打 |
| ３ 巡 | 橋本 良平 | 捕 手 | 智弁和歌山（和歌山） | １８２センチ８９キロ | 右投右打 |
| ４ 巡 | 横山 龍之介 | 投 手 | 日本文理（新潟） | １８１センチ７６キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 福岡ソフトバンクホークス | |||||
| １ 巡 | 福田 秀平 | 内野手 | 多摩大聖ヶ丘（東京） | １８０センチ７２キロ | 右投両打 |
| ３ 巡 | 伊奈 龍哉 | 外野手 | 近江（滋賀） | １８２センチ８３キロ | 右投左打 |
| ４ 巡 | 李 秉諺 | 内野手 | 岡山共生（岡山） | １７４センチ８５キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 東京ヤクルトスワローズ | |||||
| １ 巡 | 増渕 竜義 | 投 手 | 鷲宮（埼玉） | １８４センチ８０キロ | 右投右打 |
| ３ 巡 | 上田 剛史 | 外野手 | 関西（岡山） | １７９センチ７２キロ | 右投左打 |
| ４ 巡 | 山田 弘喜 | 投 手 | 城東工（大阪） | １８０センチ８０キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 千葉ロッテマリーンズ | |||||
| １ 巡 | 大嶺 祐太 | 投 手 | 八重山商工（沖縄） | １８４センチ８０キロ | 右投左打 |
| ２ 巡 | 佐藤 賢治 | 外野手 | 横浜（神奈川） | １８１センチ７８キロ | 右投左打 |
| ３ 巡 | 黒滝 将人 | 投 手 | 札幌日大高（北海道） | １８３センチ８３キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 讀賣ジャイアンツ | |||||
| １ 巡 | 坂本 勇人 | 内野手 | 光星学院（青森） | １８４センチ７５キロ | 右投右打 |
| ３ 巡 | 田中 大二郎 | 内野手 | 東海大相模（神奈川） | １８０センチ８０キロ | 左投左打 |
| ４ 巡 | 伊集院 峰弘 | 捕 手 | 鹿児島実（鹿児島） | １７７センチ７５キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| オリックスバファローズ | |||||
| １ 巡 | 延江 大輔 | 投 手 | 瀬戸内（広島） | １８３センチ７５キロ | 左投左打 |
| ３ 巡 | 梅村 学人 | 投 手 | 三重（三重） | １８５センチ７８キロ | 右投右打 |
| ４ 巡 | 仁藤 拓馬 | 投 手 | 島田商（静岡） | １８２センチ８０キロ | 右投右打 |
| ５ 巡 | 土井 健大 | 捕 手 | 履正社（大阪） | １７６センチ８５キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 広島東洋カープ | |||||
| １ 巡 | 前田 健太 | 投 手 | PL学園（大阪） | １８２センチ７０キロ | 右投右打 |
| ３ 巡 | 会沢 翼 | 捕 手 | 水戸短大付（茨城） | １７７センチ８０キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 東北楽天ゴールデンイーグルス | |||||
| １ 巡 | 田中 将大 | 投 手 | 駒大苫小牧（北海道） | １８５センチ８０キロ | 右投右打 |
| ３ 巡 | 山本 大明 | 捕 手 | 尾山台（石川） | １８５センチ８０キロ | 右投右打 |
| 選択終了 | |||||
| 横浜ベイスターズ | |||||
| １ 巡 | 北 篤 | 投 手 | 小松工（石川） | １８２センチ８０キロ | 右投左打 |
| ３ 巡 | 梶谷 隆幸 | 内野手 | 開星（島根） | １８０センチ７３キロ | 右投左打 |
| ４ 巡 | 高森 勇気 | 捕 手 | 中京（岐阜） | １８０センチ８４キロ | 右投左打 |
| 選択終了 | |||||