基本設定
米花高校２年の工藤新一は、警察も持て余す難事件を解決する高校生探偵。頭脳明晰・容姿端麗・良家の生まれという非の打ち所のない彼だが、いかんせんナルシストで目立チストでヒネクレ者。恐喝の取引現場を都合よく目撃してしまった事から、黒ずくめの男に毒薬を飲まされてしまう。しかし開発途中のこの薬は新一を殺すかわりに10歳若返らせてしまった。
いきなり寸足らずの６歳児にされてしまった新一は、新一を殺しそこなった黒ずくめの男とその組織、そしてＧＦの毛利蘭の目をごまかすため江戸川コナンと名乗る。かくして脳味噌は高校生のまま小学一年生と化し、蘭の父で私立探偵の毛利小五郎の家に転がり込んだ。いきなり両思いの彼女との同棲生活に突入する新一（しかも彼女の父親同居の入り婿状態）。あとは体さえ元に戻れば万事ＯＫの生活である。
小学生が「黒い服を着た謎の組織が世界征服を企んでいる」と訴えても、誰も本気にしてくれない（高校生ならせめて精神科に連れていくぐらいはしてくれるのに）。飲まされた薬の解毒剤を手に入れるためにも、謎の組織の手がかりを得なければならない。仕方なく持ち前の推理力で小五郎を名探偵に祭り上げ、依頼される仕事に組織が関わっていないかを探すのが江戸川コナンの毎日だ。だが組織の情報はなかなか入ってこず、事件やトラブルばかりが降りかかる。どうやら小五郎と新一が一緒にいると強力な悪霊地場が形成され、周囲の人間は取り憑かれて殺人や恐喝をしてしまうらしい（ホームズの言う所の犯罪海燕である）。おかげで彼らの行く先々では人死にが絶えない。
元の体を取り戻すため、悪の組織をたたきつぶせ。負けるな、工藤新一！戦え、江戸川コナン！
